Stigmata берёт своё начало в 2003 году в городе Санкт-Петербурге – родине лучших рок-групп современной российской сцены.

Совместную музыкальную деятельность парни начали двумя годами ранее. В команде, не имевшей на тот момент названия, играли Никита – гитара, Игорь – вторая гитара, Шурик – бас, Щепа – барабаны, Артур – вокал. Вскоре барабанщик и басист покинули группу, на место Шурика пришёл Денис, Никита сел за барабанную установку, Игорь привёл нового гитариста – Тараса. Группа до сих пор не имела названия. Первым вариантом было назвать группу РЕАКТОР, но это название сразу отпало из-за созвучия с CREATOR. Денис находит слово Stigmata.

В 2003 году Stigmata играет на разогреве у группы «Прорва» в клубе «Полигон». С этого момента начинается концертная деятельность коллектива. Их приглашают играть на фестивале «Нечужие дети».

В конце года Stigmata решает разбавить гроул мелодичным вокалом. Артур к тому времени охладевает к музыке, у него возникают семейные проблемы, и он решает покинуть группу. Игорь приводит нового вокалиста. Им становится Нельсон, который до этого пел в nu-metal банде "Геном". Его своеобразный голос выгодно отличал Stigmata от других коллективов Петербурга. Немного позже, вслед за Артуром, группу покидает гитарист Игорь: его приглашают на вокал в группу [Amatory].

В 2004 году альтернативный лейбл КАП-КАН предлагает команде заключить контракт о выходе первой пластинки. Осенью в свет выходит дебютный альбом Stigmata под названием "Конвейер снов", презентация которого произошла 1 сентября в клубе «Пятница».

За первые 6 месяцев 2005 года группа даёт 15 концертов в различных городах, в том числе в Петрозаводске на фестивале ISTHMUS совместно с группой НАИВ. В июле группа приступает к записи своего второго альбома, который обещает стать главным релизом 2005 года. Осенью на КАП-КАНе выходит следующая пластинка группы "Больше чем любовь", которая показывает группу с совершенно другой, более мелодичной стороны.

В 2006 году Stigmata проводит серию акустических концертов «Acoustic & Drive». На концерте в Москве песня «Одиночество» исполнялась совместно с вокалисткой группы Tracktor Bowling – Лу (Lou).

Январь был ознаменован первым DVD группы под названием "Pieces of life", включающим в себя 17 концертных песен (в том числе и акустические), интервью со всеми участниками группы, различные "закулисные" съемки.

5 февраля Stigmata участвует в мероприятии Alternative Fashion, проходившем на Большой Арене ДС «Юбилейного». Группа становится номинантом на ежегодную премию «St. Petersburg Alternative Music Awards 2006» в категориях «Группа года», «Альбом года» и др.

В феврале происходит смена состава. Из-за творческих разногласий группу покидает Ник, его место у барабанов занимает Фил, известный по работе со многими брутальными командами Питера. Теперь в список критериев для концертных выступлений помимо слова «зрелищность» добавилось слово «качество». Звучание старых песен кардинально изменилось.

В мае того же года к группе присоединился ещё один участник – второй гитарист по имени Duke. Пройдя прослушивание, он быстро влился в коллектив и стал сочинять много нового материала.

В июле группа стала хедлайнером фестиваля в Эстонии. В августе началась работа над новым EP «Бог меня простит» и клипом на песню «Лёд», релиз которой был намечен на декабрь 2006 года. Сингл сразу же занимает лидирующие позиции во всех альтернативных хит-парадах. Клип на эту композицию становится одним из самых популярных, выигрывает в ежегодной премии "St. Petersburg Alternative Music Awards 2007" в номинации "Песня года". Армия поклонников начинает расти, что не могло не послужить поводом для первого турне.

В 2007 году группе поступает предложение о совместных концертах с группами Killswitch engage и Caliban в России. Летом Stigmata делит сцену крупнейшего российского рок-фестиваля "Крылья" с такими звёздами как Алиса, Pleymo, Natalie Imbruglia.

В преддверии нового альбома группа выпускает 2-ой сингл под названием "Сентябрь", клип на который становится самым заказываемым на альтернативных телеканалах в период осени 2007 года.

Осенью же к группе проявляет интерес крупнейший лейбл рок-музыки в России "Navigator records". Stigmata подписывает контракт о выходе своего третьего по счёту, одноимённого альбома. Материал и качество пластинки закрепили успех группы, альбом разошёлся большим тиражом, собрав максимум положительных отзывов и рекордное количество скачиваний в Интернете. Тур "На крыльях ветров 2007" в поддержку альбома по городам России, Украины, Белоруссии, Эстонии, Латвии стал самым широкомасштабным в истории русской альтернативы.

Зимой того же года происходит смена барабанщика, новым участником коллектива становится молодой и энергичный Фёдор, известный по работе с группой "Rashamba".